My-Otome Zwei acontece um ano após os eventos do My-Otome. Arika agora é um Otome de pleno direito (embora ainda sob a tutela de Miss Maria) e Nagi está encarcerado em uma prisão em algum lugar de Áries. As várias nações estão em paz entre si e planejam manter a S.O.L.T. (Negociações estratégicas de limitação de otome) para discutir a limitação do número de otome.
Uma missão para destruir um meteoro que ameaça colidir com Earl se move em movimento uma cadeia de eventos que resultam em uma figura sombria misteriosa atacando Garderobe e vários Otome, além de uma nova e mais poderosa versão do escravo que aparece em todo o planeta. Para piorar a situação, a rainha Mashiro desaparece após uma discussão com Arika. A série segue a busca de Arika por Mashiro e as tentativas de Garderobe de descobrir a verdade por trás da figura sombria.
(Fonte: Wikipedia)