Alguns anos após as aventuras das crianças escolhidas no mundo digital, um novo lote de crianças escolhidas é convocado para salvar o mundo digital. Um governante malvado conhecido como Digimon Kaiser, ou Digimon Emperor, está forçando o Digimon do mundo digital a escravização. O novo grupo de crianças escolhidas, com a ajuda de seus Digimon, então inicia uma jornada para impedir o imperador do Digimon do mal.
