Masaru, um estudante do segundo ano do ensino médio e de rua invicto, está prestes a aprender o significado da palavra "trabalho em equipe". Depois que Agumon escapa do DATS, uma organização que lida com Digimon, acaba em uma briga com Masaru. Logo Yoshino e Lalamon vêm para capturar Agumon, e os dois lutadores escapam. Depois que um Digimon do mal aparece, cabe a Masaru e Agumon derrotá -lo com sua carga de DNA.
Em breve, Masaru deve se juntar a Dats para acabar com o Digimon chegando à Terra. Com a ajuda de Yoshino, Ikuto e Touma, o grupo deve impedir qualquer Digimon do mal que apareça e devolvê -los ao mundo digital.
Mas nem tudo vai como planejado ...
