Digimon Tamers acontece em um mundo onde a popular franquia Digimon é toda a raiva, composta por um desenho animado, videogames e o jogo de cartas de negociação. Takato Matsuda é um grande fã de Digimon, particularmente obcecado com o jogo de cartas e constantemente sonha sonhado sobre o universo nele. Um dia, ele encontra um misterioso cartão azul, que ele desliza através de um brinquedo do scanner para usar no popular jogo de batalha. De repente, seu brinquedo brilha e se transforma em um digivice, e o design feito por fã de Takato, Guilmon, se materializa na frente dele. Emocionada com a perspectiva de ter um Digimon da vida real, Takato abraça seu novo parceiro e suas aventuras quando começam um Digimon Tamer.
Takato descobre rapidamente que ser um Digimon Tamer não é divertido e de jogos - na realidade, é muito mais perigoso do que os jogos de cartas que ele está acostumado. Wild Digimon começou a aparecer em todo o Japão, causando tumultos que resultam em caos e caos. Armado com seu digivice, que pode examinar os cartões de negociação para fortalecer Guilmon, Takato e seu novo parceiro decidiram combater o trapaceiro Digimon. Eles têm a tarefa de proteger o mundo contra ataques de Digimon, enquanto uma organização misteriosa determinada a eliminar todos os Digimon e seus domadores se esconde nas sombras ...