Trinta e dois anos se passaram desde a derrota inicial dos invasores. A.E.G.I.S está praticamente desmantelado agora e se tornou uma organização subterrânea que consiste em apenas alguns guardiões do portão para salvar a humanidade. Um dos membros, Ayane Isuzu, está cansado da sociedade como um todo, embora ela continue a derrotar os invasores por causa do pai. De repente, ela aprende sobre o renascimento do Machine General (Kikai Shogun) e o Diabo Count (Akuma Hakushaku), mas uma misteriosa garota fantasma agora os acompanha. Cabe a Ayane e os remanescentes de A.E.G.I.s para detê -los e salvar a humanidade mais uma vez.
(Fonte: Ann)
