Tenma Matsukaze é um novo aluno da Raimon Junior High. Devido ao seu amor pelo futebol, ele decide ingressar no time de futebol da escola, que ganhou sua reputação após o incrível desempenho demonstrado dez anos antes na Fronteira de Futebol International, um torneio que abriga as melhores equipes de jovens que o mundo tem a oferecer. Infelizmente, a escola antes de renome não tem o espírito de futebol que desfrutou.
Isso se deve principalmente ao fato de o futebol no Japão agora ser controlado por uma entidade sombria conhecida como o "quinto setor". Somente eles decidem o destino de cada partida, instruindo as equipes a vencer ou perder. As ações do quinto setor derrotaram os times de futebol do país, que não gostam mais do jogo.
Tenma e seus colegas de equipe procurarão mudar esse paradigma e lutar contra seus maus opressores. Felizmente, eles não estarão sozinhos nesta batalha, pois receberão ajuda de um grupo conhecido como "resistência". Aperte pelos meninos de Inazuma onze, quando eles lutaem a boa luta!
