Kanenone Gakuen é um colégio interno de todos os homens localizado no campo do Japão. Embora uma escola masculina não seja novidade, a vida pode se tornar bastante difícil quando não há estudantes do sexo feminino por quilômetros ao redor. A fim de ajudar a saúde psicológica de todos os envolvidos, o conselho escolar decidiu tentar se fundir com o internato mais próximo para se tornarem co-ed. Os meninos de Kanenone estão mais do que emocionados com a perspectiva, e as meninas estão curiosas sobre o quão interessante a vida escolar pode se tornar se houvesse mais meninos por perto. Antes de serem tomadas decisões graves, as meninas foram convidadas a ficar em Kanenone por um mês como teste. Green Green segue Yuusuke Takazaki e seus companheiros de quarto travessos chamados de Baka (idiota) Trio e sua capacidade de conversar com as meninas sem se fazer completos de si mesmos. Mas assim que o ônibus escolar com as meninas chega, as coisas se tornam estranhas, hormonais e histéricas. Em particular, uma garota chamada Midori Chitose salta do ônibus e imediatamente abraça um Yuusuke muito confuso. Ele é um homem de senhoras naturais, ou os dois têm uma história compartilhada que ele não está ciente?
