Em um universo futurista, a humanidade travou guerra contra uma raça de gigantes conhecida como Zentradi. Enfrentando a extinção nas mãos de seus inimigos, a humanidade escapou para as estrelas. Em 2059 d.C., a 25ª frota gigante de imigração, também conhecida como a fronteira de Macross, passa por sua jornada em direção ao centro da galáxia.
Na maioria das vezes, a vida na fronteira de Macross prossegue normalmente. Mas quando o famoso cantor Sheryl Nome visita, as coisas dão errado. Aliens biomecânicos misteriosos conhecidos como Vajra aparecem e atacam, assim como os cidadãos estão ocupados clamando por Sheryl.
O estudante de 17 anos, Mech Pilot Alto Saotome, se junta à briga contra a ameaça alienígena. Enquanto luta contra um Varja, Alto resgata uma jovem chamada Ranka Lee. O major Ozma Lee observa a habilidade de Alto durante sua batalha e o recruta no programa estratégico de serviços militares. Mas seu recrutamento não corre bem, pois os fantasmas do passado de Alto surgem para assombrá -lo.
