Após a derrota de Myouri, descompactada nas mãos de Medaka Kurokami e seu conselho estudantil, a paz retornou à Academia Hakoniwa - pelo menos, por um curto período de tempo. Logo, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune e Mogana Kikaijima se vêem embrulhados em outro esquema sinistro, conhecido como "plano de frasco", liderado pelo próprio diretor da escola.
No entanto, o primeiro problema do conselho é lidar com um grupo totalmente novo de estudantes sobre -humanos que se chamam de "treze partidos", liderados pelo egoísta, mas poderoso Odo Miyakonojou. Com o misterioso plano de frasco, a tirania de Oudo e o ressurgimento de um antigo inimigo, o estado da Academia de Hakoniwa está longe de ser tranquilo, e Medaka e seus companheiros estão cheios, pois as coisas só ficam muito mais anormais.
[Escrito por Mal Rewrite]
