Há muito tempo, todos os humanos viviam sob o mar. No entanto, algumas pessoas preferiram a superfície e abandonaram a vida debaixo d'água permanentemente. Como conseqüência, eles foram despojados de sua proteção dada por Deus, chamada "Ena", o que lhes permitiu respirar debaixo d'água. Com o tempo, a brecha entre os habitantes do mar e da superfície aumentou, embora o contato entre os dois povos ainda existisse. Nagi no Asukara segue a história de Hikari Sakishima e Manaka Mukaido, juntamente com seus amigos de infância e a escola e o Kaname Isaki. Lá, o grupo também conhece Tsumugu Kihara, um colega e pescador que ama o mar.
Hikari e a vida de seus amigos devem mudar, pois precisam lidar com o ódio profundo e a discriminação entre o povo do mar e a superfície, as tempestades em suas vidas pessoais, bem como uma tempestade iminente que pode soletrar desgraça para todos os que habitam na superfície.
[Escrito por Mal Rewrite]