Em um conto de fadas ganham vida, o Ahiru desajeitado, doce e gentil (japonês para "pato") parece um protagonista improvável. Na realidade, Ahiru é tão mágico quanto os gatos falantes e crocodilos que habitam sua cidade - pois Ahiru é realmente um pato! Transformada pelo misterioso Drosselmeyer em uma garota humana, Ahiru logo aprende o motivo de sua existência. Usando seu pingente mágico em forma de ovo, Ahiru pode se transformar em Princess Tutu-um belo e talentoso dançarino de balé cujas danças aliviam as pessoas da turbulência em seus corações. Com sua nova habilidade, Ahiru aceita o desafio de coletar os fragmentos perdidos do coração de seu príncipe, há muito tempo ele a destruiu para selar um corvo do mal por toda a eternidade.
A princesa Tutu é uma história de heróis e sua luta contra o destino. Suas crenças, seus sentimentos e, finalmente, suas ações determinarão se esse conto de fadas pode alcançar seu "feliz para sempre".
Nota: A princesa Tutu foi ao ar em duas partes. A primeira parte incluiu 13 episódios de 25 minutos, enquanto a segunda parte consistiu em 24 episódios de 12 minutos com um episódio final de 25 minutos.