No ano de 2012, o Japão foi invadido pelo MU. Seres humanos de outra dimensão com sangue azul.
No ano de 2015, Tóquio é atacado por invasores, que são repelidos por uma arma humanóide chamada Dolem. Durante o caos, Ayato Kamina conhece Reika Mishima, um colega de classe.
Durante o mesmo dia, ele é atacado por funcionários do governo, mas uma mulher chamada Haruka vem em seu socorro, informando que ela foi enviada para obtê -lo pela organização Terra, e que Tóquio havia sido selado em uma fenda no tempo em que o tempo flui um terço tão rápido quanto o mundo exterior.
Ele foge de Haruka para um trem onde vê Reika mais uma vez. Chegando à sala de Rah, ele a segue até um tremendo ovo de onde o Dolem Rahxephon é chocado e, ao cantar sua mãe, aparece no topo do Dolem que parou a invasão de Terra. Na batalha, a mãe de Ayato está ferida e Ayato foge de Tóquio Júpiter com Haruka.
