Enquanto outras escolas do Japão competem pelo título de ser o melhor time de futebol do país, o clube de futebol da Raimon Middle School, Inazuma Eleven, luta para se levantar à beira de ser dissolvido. O neto do goleiro e capitão da equipe de Inazuma Eleven, Mamamoru Endou, leva o desafio de chutar o clube hábil negligenciado de volta em forma. Para fazer isso, ele precisará de uma pequena ajuda e mais do que um pouco de sorte.
Mamoru Endou encontra esperança nas mãos de Shuuya Gouenji, um jovem jogador brilhante que desistiu do futebol. Mamoru está determinado a conseguir Shuuya e outros novos recrutas para se juntar à sua equipe, independentemente do custo. Sua paixão e determinação são suficientes para tratar o clube doente? Ou não há mais esperança para a equipe?