"Awaken agora, Kasuga Arata." Com essas palavras, a vida sem intercorrências e despreocupada de Arata termina para sempre. Uma sombra preta cobre o sol e a cidade inteira de Arata é reduzida a escombros, todas as pessoas que seriam feitas pela escuridão do sol em um evento chamado "fenômeno de detalhamento". À medida que as memórias de Arata voltam, ele percebe que vive dentro de uma ilusão criada por um poderoso livro de feitiços.
Lilith Asami, um mago despachado para investigar o fenômeno, oferece arata duas opções: entregar o livro ou morrer. A ARATA escolhe a terceira opção: se matricular na Academia Royal da Magic School Biblia. Esperando por ele na Academia estão sete lindos usuários de magia, a Trinity Seven, cada um com seu próprio poder e habilidade. Com tantas mulheres ao seu redor, há muitas oportunidades para se divertir boba pervertida.
Mas nem tudo é divertido e jogos para Arata. Impertado pela memória de seu primo e amigo de infância Hijiri Kasuga, Arata parará de parar a destruição do mundo e trazer seu melhor amigo de volta.
