A Academia Militar do Império de Barsburg é conhecida por treinar elites que trazem vitória ao Império. Os alunos da Academia utilizam livremente uma habilidade chamada "Zaiphon" de lutar, enquanto os tipos de Zaiphon utilizáveis depende da natureza do soldado.
Teito Klein, um estudante da Academia, é um dos soldados mais promissores produzidos. Embora ridicularizado por todos por ser um Sklave (alemão para escravos) sem lembranças de seu passado, ele é amigo de um colega chamado Mikage. Enquanto se preparava para o exame final, Teito descobre um segredo sombrio relacionado ao seu passado. Quando uma tentativa de assassinar Ayanami, um funcionário de alto escalão que matou seu pai, falha, Teito está trancado aguardando punição.
Só querendo o melhor para Teito, Mikage o ajuda a escapar. Teito acaba na igreja do 7º Distrito, onde é levado pelos bispos. É aqui que Teito tenta fugir da compreensão de Ayanami e dos militares, para que ele possa redescobrir suas memórias e aprender por que ele é a pessoa que pode mudar o destino do mundo.
[Escrito por Mal Rewrite]
