No final do século XIX, Allen Walker se junta oficialmente à organização de exorcistas que destroem os seres conhecidos como Akuma; Armas mecânicas feitas pelo milênio Earl com as almas que sofrem dos mortos. Allen tem um olho amaldiçoado e uma arma anti-akuma como um braço, com o poder da "inocência", um presente dado a ele como um apóstolo de Deus. Allen, junto com seus colegas exorcistas, deve acabar com o enredo final do milênio Earl que pode levar à destruição do mundo e a todos os que vivem nele.
