Yumekui Merry começa com Yumeji Fujiwara, um estudante aparentemente normal do ensino médio. Mas há dez anos, Yumeji ganhou a habilidade de ver as auras oníricas de outras pessoas ao seu redor. Essa habilidade permite que Yumeji preveja que tipo de sonhos as pessoas provavelmente terão em seguida. Os sonhos dos outros podem não ser um mistério para Yumeji, mas seus próprios sonhos recentemente o deixaram intrigado. Sonho após sonho, Yumeji foi perseguido por um exército de gatos liderado por John Doe, que afirma precisar do corpo de Yumeji para entrar no mundo real.
Essas estranhas ocorrências ficam ainda mais estranhas quando Yumeji conhece Nightmare Merry, um demônio dos sonhos que busca retornar ao seu próprio mundo. Usando seus poderes, Yumeji decide ajudar Merry a voltar para casa. Mas a própria presença de Merry no mundo real significa que a barreira que separa os sonhos da realidade foi quebrada, e nem todos os demônios dos sonhos pretendem vir para a Terra pacificamente…
