“Desperte agora, Kasuga Arata.” Com essas palavras, a vida tranquila e despreocupada de Arata termina para sempre. Uma sombra negra cobre o sol e toda a cidade de Arata é reduzida a escombros, todas as pessoas que vivem nela são levadas pela escuridão do sol em um evento chamado de "fenômeno de colapso". À medida que as memórias de Arata voltam, ele percebe que está vivendo dentro de uma ilusão criada por um poderoso livro de feitiços.
Lilith Asami, uma maga enviada para investigar o fenômeno, dá a Arata duas opções: entregar o livro ou morrer. Arata escolhe a terceira opção: matricular-se na escola de magia ultrassecreta Royal Biblia Academy. Esperando por ele na academia estão sete lindos usuários de magia, os Trinity Seven, cada um com seu próprio poder e habilidade. Com tantas mulheres ao seu redor, há muitas oportunidades para se divertir e se divertir.
Mas nem tudo é diversão e jogos para Arata. Estimulado pela memória de seu primo e amigo de infância Hijiri Kasuga, Arata não irá parar até impedir a destruição do mundo e trazer seu melhor amigo de volta.