Enquanto outras escolas no Japão competem pelo título de melhor time de futebol do país, o clube de futebol da Raimon Middle School, Inazuma Eleven, luta para sair da beira da dissolução. O neto do goleiro de primeira geração do Inazuma Eleven e capitão do time, Mamoru Endou, assume o desafio de devolver a forma ao clube há muito negligenciado. Para fazer isso, ele precisará de um pouco de ajuda e mais do que um pouco de sorte.
Mamoru Endou encontra esperança nas mãos de Shuuya Gouenji, um jovem jogador brilhante que desistiu do futebol. Mamoru está determinado a fazer com que Shuuya e outros novos recrutas se juntem à sua equipe, não importa o custo. Sua paixão e determinação são suficientes para tratar o clube em dificuldades? Ou não há mais esperança para a equipe?