Aoi Nagisa é transferida para uma das três escolas católicas só para meninas afiliadas em Astraea Hill, a St. Lá, ela descobre uma comunidade de colegas entrelaçados em uma intrincada hierarquia, na qual dois Etoiles representam as três escolas. Para se adaptar, Nagisa deve ir às aulas, ingressar em clubes e fazer novos amigos. Enquanto isso, Shizuma Hanazono, a única Etoile de Astraea Hill, sente-se atraída por este novo e excitante estudante transferido. À medida que Shizuma e Nagisa se conhecem, Shizuma finalmente decide que é hora de enfrentar seu passado conturbado.
