Como uma sequência da série Ikkitousen, Shin Ikkitousen se concentra em escolas secundárias, cada uma equipada com lutadores que contêm a essência dos antigos soldados chineses dos Três Reinos com o uso de Magatama. No momento em que a guerra territorial na região de Kanto chega ao fim e o progresso na recuperação é feito, a área volta a funcionar após o início da "caça ao Magatama" sob a direção do poderoso líder, Himiko.
