Anteriormente uma escola só para meninas, a Ousai Academy tornou-se recentemente mista. Entra em cena o vice-presidente do conselho estudantil, Takatoshi Tsuda, um dos primeiros alunos do sexo masculino de Ousai. Ele está se adaptando bastante bem agora que está no segundo ano, mas ainda há muito para se acostumar. Por exemplo, sobre o que as garotas falam quando não há rapazes por perto? Em Seitokai Yakuindomo*, exatamente o que você esperaria: sexo!
Embora encarregado de defender a moralidade entre o corpo discente, o Conselho Estudantil de Ousai é notoriamente pervertido, especialmente o presidente Shino Amakusa. Ao cumprirem seus deveres para com a escola, Tsuda, Shino e seus colegas membros do conselho devem equilibrar a curiosidade com a decência e as piadas sexuais com os estudos. Afinal, é preciso ser um pervertido para conhecer um!