Na Academia St. Mihailov, uma série de assassinatos em série ocorreu com todas as vítimas sendo mulheres jovens. Quem é esse culpado desenfreado? E qual linda donzela será a próxima vítima de seu mal?
Depois de um dia horrível sendo assediadas por seus colegas de classe, as irmãs adotivas Mafuyu Oribe e Tomo Yamanobe tropeçam em um jovem ferido e decidem trazê-lo de volta para sua casa para se recuperar. Naquela mesma noite, Mafuyu acaba à mercê do infame serial killer. Estranhamente, ele não exige a vida dela, mas sim um ícone deixado pelo pai de Tomo.
Felizmente, Sasha, o jovem misterioso que as irmãs acolheram, vem ao resgate bem a tempo, ajudando Mafuyu a evitar o mesmo destino das outras vítimas. Sasha revela que é um Qwaser, um indivíduo capaz de controlar elementos científicos ao participar do Soma, uma essência milagrosa encontrada nos seios das mulheres. Capaz de manipular ferro, Sasha fabrica uma foice gigante e mata o serial killer. Ele se matricula na academia no dia seguinte, sinalizando o início de um ano letivo muito "interessante". Seikon no Qwaser é uma história cheia de ação que não foge do fan-service. Junte-se a Sasha e seus aliados enquanto eles afastam o mal que se aproxima.
