O amor está no ar quando a história de Sakura Trick começa. Haruka Takayama e Yuu Sonoda eram melhores amigos no ensino médio e agora estudam juntos na Misato West High School. Eles são matriculados na mesma turma no primeiro ano, mas recebem assentos em lados opostos da sala! Se não bastasse, é anunciado na cerimônia de entrada que a escola estará fechada em três anos. Isso não incomoda nenhum deles, pois eles ainda planejam se divertir muito juntos durante os anos do ensino médio.
Haruka fica com ciúmes de Yuu fazendo novos amigos, então os dois decidem aprofundar seu vínculo. “Vamos fazer algo que nunca faríamos com outras garotas”, diz Yuu, e um dia elas se beijam em uma sala de aula vazia depois da escola. Depois que aquele beijo leva a muitos beijos, os dois começam a perceber que o relacionamento que compartilham mudou completamente. Mas o que acontecerá com o relacionamento deles quando uma irmã mais velha e desaprovadora começar a suspeitar que algo está acontecendo entre os dois?
