Guerras Ferroviárias! se passa em um universo alternativo onde o governo japonês permanece no controle dos sistemas ferroviários do país. Devido à estabilidade proporcionada pela liderança do governo, o sistema ferroviário pode florescer.
Naoto Takayama aspira se tornar funcionário da Japan National Railways por causa da vida confortável que isso lhe permitirá viver. Para isso entra no seu programa de formação, onde os alunos devem demonstrar o seu conhecimento sobre comboios, bem como a sua capacidade de estar preparados para qualquer desafio que possa surgir.
Durante este período, ele encontrará outros estudantes, como o talentoso atleticamente Aoi Sakura, o constantemente faminto Sho Iwaizumi e a enciclopédia humana Haruka Komi. Juntos, eles trabalharão para sobreviver ao período de estágio, enfrentando ao mesmo tempo ladrões de bolsas, ameaças de bomba e o espectro iminente do grupo extremista “RJ” que quer privatizar o sistema ferroviário.
