No ano de 2012 o Japão foi invadido pelos Mu. Seres semelhantes a humanos de outra dimensão com sangue azul.
No ano de 2015, Tóquio é atacada por invasores, que são repelidos por uma arma humanóide chamada Dolem. Durante o caos, Ayato Kamina conhece Reika Mishima, uma colega de classe.
No mesmo dia, ele é atacado por funcionários do governo, mas uma mulher chamada Haruka vem em seu socorro, informando-o que foi enviada para buscá-lo pela Organização TERRA, e que Tóquio foi selada em uma fenda temporal onde o tempo flui um terço mais rápido que o mundo exterior.
Ele foge de Haruka para um trem onde vê Reika mais uma vez. Chegando à Sala de Rah, ele a segue até um ovo tremendo de onde o Dolem RahXephon nasce, e após ela cantar, sua mãe aparece no topo do Dolem que impediu a Invasão TERRA. Na batalha, a mãe de Ayato é ferida e Ayato foge de Tóquio Júpiter com Haruka.
