Otome Youkai Zakuro se passa em uma versão alternativa da Era Meiji do Japão. Nesta versão da história, humanos e espíritos coexistem lado a lado no mesmo mundo. No entanto, o Japão está a tornar-se cada vez mais influenciado pelo Ocidente, e mais pessoas estão a aceitar as religiões ocidentais como a sua fé escolhida, em vez das religiões orientais mais tradicionais que dominaram o país durante muitos séculos, levando a conflitos entre humanos e youkai.
Para ajudar a aliviar as tensões, é criada uma organização chamada Ministério dos Espíritos, composta por um grupo de soldados do sexo masculino e um grupo de youkais do sexo feminino. Infelizmente as coisas não correm tão bem como se esperaria, pois um dos soldados, Kei Agemaki, tem muito medo de youkai e um dos espíritos, Zakuro, tem uma aversão extrema aos humanos que aceitam práticas e tradições do oeste. A vida desses dois está prestes a se tornar muito mais interessante, pois eles precisam aprender a cooperar com seus piores inimigos!
