Se Koyomi Araragi pensou que sua vida não poderia ficar mais complicada depois de conhecer Hitagi Senjogahara, Mayoi Hachikuji e Suruga Kanbaru, ele está muito enganado.
Sem saber como isso aconteceu, Koyomi se encontra em um lugar desconhecido como prisioneiro. A razão e a resposta para sua situação parecem estar no passado de Hitagi e no vigarista Kaiki Deishuu, mas fica claro que há muito mais do que isso, e isso ameaçará o bem-estar daqueles que Koyomi ama.
O segundo arco de história de Nisemonogatari se concentra na irmã de Koyomi, Tsukihi. Quando Koyomi conhece duas mulheres enigmáticas que sabem muito sobre ele e seus amigos, ele não poderia ter previsto as ramificações de sua presença. Agora a vida de Tsukihi pode muito bem estar em risco, e a causa por trás disso abalará tudo o que Koyomi sabe sobre suas irmãs.