No Japão feudal, o povo de Edo está cercado por insetos gigantes que devastam a terra. As pessoas imploram desesperadamente ao governo que faça algo a respeito. Assim, o Gabinete do Magistrado de Insetos é estabelecido, reunindo guerreiros fortes para se defenderem contra o aparecimento de pragas. Mushibugyou segue Jinbee Tsukishima, um jovem que se esforça para ser um mestre espadachim como seu pai. Para expiar um incidente horrível que ocorreu por sua culpa, Jinbee tenta tomar o lugar de seu pai como membro do Gabinete do Magistrado de Insetos. Em sua jornada até lá, ele conhece a adorável Haru, uma jovem que ajuda a administrar a casa de chá de sua família, e é forçada a fazer bom uso de sua espada para salvá-la de um destino terrível. Este ato de bravura que lhe valeu uma vaga no Magistrado de Insetos. Será que este exterminador novato será capaz de livrar a terra da horda de insetos que pululam?
