O principal protagonista de Mayo Chiki!, Sakamachi Kinjirou, tem o pior caso de ginofobia conhecido pelo homem. Apenas um toque de uma garota e seu nariz sangra quase incontrolavelmente. Sua condição se deve à sua família de lutadoras que o “treinou” um pouco demais quando criança. Através desse amor duro, Kinjirou desenvolveu um corpo capaz de resistir a golpes fortes... bem como um medo intenso da raça feminina. A vida com tal deficiência é difícil por si só, mas depois de uma visita ameaçadora ao banheiro da escola, a existência semi-pacífica de Kinjirou se transforma em um caos completo. Ele descobre que o suave Subaru-sama, guarda-costas da filha do diretor, Kanade, é na verdade uma menina. Em troca de seu silêncio sobre o assunto, Kanade promete ajudá-lo a superar sua ginofobia.
Um mordomo travestido, uma beleza distorcida de alta classe, uma aspirante a escritora de BL, uma aspirante a lutadora profissional e alguém que vive com fantasmas - esse é o tipo de garota com quem Sakamachi Kinjirou deve lidar todos os dias. Com um elenco de personagens tão único, a vida escolar em Mayo Chiki! certamente trará muitas aventuras malucas.