O mundo como o conhecemos é, na verdade, apenas metade da história, como Takeshi Nanase descobre abruptamente numa manhã de verão. A caminho do treino de kendo, Takeshi se depara com uma garota inconsciente com um uniforme que ele não reconhece. Takeshi faz a coisa certa e a salva, e em troca a garota acorda e acidentalmente o transforma em um usuário de magia.
Como Takeshi descobre, existe o mundo em que ele vive e o mundo dos usuários de magia. A maioria dos usuários de magia deseja apenas coexistir pacificamente com não-mágicos, mas há alguns com ambições maiores. Mui Aiba é uma maga matriculada na Subaru Magic Academy, onde os usuários de magia podem aprender a controlar e canalizar seus poderes e como viver em paz com humanos normais. Após seu encontro fatídico com Mui, Takeshi e seus novos amigos mágicos Kurumi Isoshima e Kazumi Ida decidem se matricular na Academia de Magia também.
Todos os três amigos têm motivos diferentes para continuar lutando, seja lutando para escapar do passado ou para alcançar o futuro. Eles exercem diferentes tipos de poderes, que devem aprender a controlar para lutar contra os Ghost Trailers, um grupo de mágicos que estão dispostos a usar a violência para afirmar sua superioridade sobre os humanos.
Perseguidos pelos Ghost Trailers, Takeshi e seus amigos devem treinar para se tornarem mais fortes, enfrentar o líder dos Trailers e impedir o início da Segunda Grande Guerra Mágica.
