Em um universo futurista, a humanidade travou uma guerra contra uma raça de gigantes conhecida como Zentradi. Enfrentando a extinção pelas mãos de seus inimigos, a humanidade escapou para as estrelas. Em 2059 d.C., a 25ª frota da Imigração Gigante, também conhecida como Macross Frontier, inicia sua jornada em direção ao centro da galáxia.
Na maior parte, a vida na Macross Frontier prossegue normalmente. Mas quando a famosa cantora Sheryl Nome nos visita, as coisas dão errado. Misteriosos alienígenas biomecânicos conhecidos como Vajra aparecem e atacam, no momento em que os cidadãos estão ocupados clamando por Sheryl.
O estudante piloto mecânico de 17 anos, Alto Saotome, junta-se à briga contra a ameaça alienígena. Enquanto luta contra Varja, Alto resgata uma jovem chamada Ranka Lee. O Major Ozma Lee nota a habilidade de Alto durante sua batalha e o recruta para o programa de Serviços Militares Estratégicos. Mas o seu recrutamento não corre bem, pois os fantasmas do passado de Alto surgem para assombrá-lo.
