Depois que seu pai solteiro se casou novamente, Keita Suminoe não apenas se viu com uma nova mãe, mas também com duas lindas meio-irmãs gêmeas, Ako e Riko. Seu vínculo estreito quando crianças logo se transforma em algo mais pessoal, e Keita se encontra em uma situação difícil da qual ele luta vigorosamente para escapar.
Para as gêmeas, a transição das meninas para a adolescência trouxe mudanças na aparência e também no crescimento emocional. O amor deles por Keita tornou-se algo mais do que amor fraternal, pois ambos foram dominados por sentimentos românticos e pura luxúria. Essas meninas inocentes, sendo um casal de jovens honestas, não puderam deixar de confessar seu amor recém-nascido ao pobre irmão mais novo. A hilaridade surge quando Keita, que se recusa a ver as duas como qualquer outra coisa que não seja suas irmãs, começa a se envolver em situações embaraçosas, sensuais e lascivas com elas. Keita cruzará a linha do incesto ou será capaz de proteger as joias de sua família?
Kiss x Sis é um anime de harém cheio de ecchi que pode fazer você corar um pouco, mas com certeza também vai fazer você rir.