Haruto Kirishima viveu uma vida calma no campo, longe da vida agitada da cidade. Então Yuzuki Eba apareceu em sua vida do nada, vindo de Tóquio para morar brevemente com sua família. O tempo que passaram juntos o deixou apaixonado pelas lembranças daquele curto período antes de ela desaparecer abruptamente de sua vida, e o deixou cheio de perguntas. Kimi no Iru Machi começa algum tempo depois, depois que Haruto se muda para Tóquio para morar com sua irmã, a fim de seguir a carreira de cozinheiro. Na realidade, ele deseja estar com Yuzuki. As coisas não começam bem. Ao chegar, é confundido com um ladrão e atacado pela vizinha de sua irmã, Mishima Asuka. Depois que o mal-entendido é esclarecido, seus sentimentos começam a vacilar. Eba, que continua evitando-o sem motivo aparente, é a pessoa certa para ele ou é Asuka?
