O Japão projetou um exoesqueleto armado "Infinite Stratos" (IS) e ele se tornou a principal fonte de armas. Como só as mulheres podem operar o SI, as mulheres dominam a sociedade sobre os homens. Orimura Ichika é um garoto de 15 anos que toca acidentalmente em um IS colocado na escola de treinamento de pilotos do IS. Ele é considerado o único homem que pode operar o EI e é forçado a entrar na escola de treinamento. A agitada vida escolar de Ichika, cercada por meninas, começou.
