Tudo o que Rakka lembra antes de sair de seu casulo é a sensação de cair. Confusa, ela é recebida neste novo mundo como parte dos Haibane, um grupo de jovens com pequenas asas cinzentas e auréolas brilhantes. Juntos, eles moram no Old Home, nos arredores de Grie, uma cidade tranquila onde vivem pessoas sem asas e sem auréolas.
Existem muitas regras que regem o mundo de Haibane Renmei: a mais importante é que Haibane não pode aproximar-se ou tocar nas enormes muralhas que cercam a cidade. Somente seres conhecidos como Toga podem ir e vir quando quiserem.
Embora sua vida diária seja tranquila, há muitas coisas que Rakka e os outros Haibane não sabem, ou não têm permissão para saber. Rakka resolverá suas próprias dúvidas e questionamentos enquanto descobre o que está fazendo neste mundo, enquanto trabalha para atingir o objetivo de cada Haibane: ultrapassar os muros em seu Dia de Voo. Mas esta não é uma tarefa fácil: falhar significa ser rotulado como alguém que está preso ao pecado.
