Sasahara Kanji é um calouro universitário que decide ingressar em uma sociedade estudantil para compartilhar seus pensamentos ocultos sobre mangá, anime e jogos.
Quando ele visitou Genshiken pela primeira vez, abreviação de "Gendai Shikaku Bunka Kenkyuu Kai" (Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna), seu orgulho infundado foi destruído pela conspiração de Madarame, um estudante do segundo ano em Genshiken, mas ele ainda não conseguia admitir que é um otaku.
No entanto, enquanto ele participa de atividades da sociedade, como visitar lojas de dojin (publicação privada) e festivais de anime, e sai com outros membros da sociedade Kosaka (um otaku hardcore apesar de suas extremas excentricidades e boa aparência), a namorada de Kosaka Kasukabe Saki (que não é realmente um otaku), Ohno (um cosplayer) e os outros, ele abre sua mente e decide que entrará no mundo otaku. Com a ajuda deles, Sasahara lentamente se ajusta à vida otaku em Genshiken.
(Fonte: AnimeNfo)