Trinta e dois anos se passaram desde a derrota inicial dos Invasores. A.E.G.I.S está praticamente desmantelada agora e se tornou uma organização clandestina que consiste apenas em alguns Guardiões do Portal que restam para salvar a humanidade. Um dos membros, Ayane Isuzu, está farto da sociedade como um todo, embora continue a derrotar os Invasores por despeito de seu pai. De repente, ela descobre sobre o renascimento do Machine General (Kikai Shogun) e do Devil Count (Akuma Hakushaku), mas uma misteriosa garota fantasma agora os acompanha. Cabe a Ayane e aos remanescentes da A.E.G.I.S detê-los e salvar a humanidade mais uma vez.
(Fonte: ANN)
