Décadas no futuro, a humanidade está sob o cerco de uma raça alienígena conhecida como Novas. Esses seres desumanos deixam um rastro de devastação sempre que aparecem, e os esforços para evitá-los ficaram conhecidos como Nova Clashes. Jovens mulheres conhecidas como "Pandoras" e homens jovens conhecidos como "Limitadores" recebem estigmas para lhes dar poderes sobre-humanos e são treinados em academias militares, onde devem aprender a trabalhar juntos para que a humanidade tenha uma chance de sobreviver.
Freezing conta a história de Kazuya Aoi enquanto ele parte para seu primeiro dia na academia militar West Genetics, bem quando uma batalha real está sendo empreendida pelos Pandoras. É aqui que ele confunde Satellizer el Bridget - uma poderosa Pandora conhecida como a "Rainha Intocável" - com sua falecida irmã e a abraça. Embora ele custe a partida para ela, ela descobre que o toque dele não a afasta e decide tomá-lo como seu Limitador. A única questão é se a sua parceria pode ou não sobreviver às maquinações dos seus veteranos e à batalha iminente com os Novas…
