Na nova temporada da FLCL, muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko compartilharam sua aventura juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Mecânica Médica e Fraternidade se espalha por toda a galáxia. Entra Hidomi, uma jovem adolescente que acredita que não há nada de incrível para esperar de sua vida normal, até que um dia uma nova professora chamada Haruko chega à sua escola. Logo, a Mecânica Médica está atacando sua cidade e Hidomi descobre um segredo dentro dela que pode salvar a todos, um segredo que apenas Haruko pode desvendar.
Mas por que Haruko voltou para a Terra? O que aconteceu com o Rickenbacker 4001 que ela deixou com Naota? E para onde foi o robô de tipo humano "Canti"?
(Fonte: ANN)
