Na nova temporada da FLCL, muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko compartilharam sua aventura juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Mecânica Médica e Fraternidade se espalha por toda a galáxia. Entra Hidomi, uma jovem adolescente que acredita que não há nada de incrível para esperar de sua vida normal, até que um dia uma nova professora chamada Haruko chega em sua escola. Logo, a Mecânica Médica está atacando sua cidade e Hidomi descobre um segredo dentro dela que pode salvar a todos, um segredo que apenas Haruko pode desvendar.
Mas por que Haruko voltou para a Terra? O que aconteceu com o Rickenbacker 4001 que ela deixou com Naota? E para onde foi o robô de tipo humano "Canti"?
(Fonte: ANN)
