Nada de interessante acontece na vida de Naota desde que seu irmão partiu para a América, deixando-o com seu avô e seu pai em sua pequena e chata cidade. No caminho para casa com Mamimi - a ex-namorada de seu irmão - uma mulher maluca de cabelo rosa andando em uma Vespa, chamada Haruko, de repente bate nele, o beija e depois bate na cabeça dele com seu violão antes de partir. A próxima coisa que ele sabe é que a garota maluca está trabalhando como governanta, dois robôs brotam de sua testa para lutar, e o sobrevivente começa a morar com ele também. Acho que é justo dizer que Naota se separou de sua antiga vida mundana. FLCL é uma história excêntrica de amadurecimento com tons surpreendentemente profundos à medida que Naota, de 12 anos, se desenvolve através das travessuras selvagens de Haruko e amadurece ao longo do caminho para a idade adulta.
