Dragon Ball GT se passa cinco anos depois que Gokuu partiu para treinar seu aprendiz Uub, cujo treinamento agora está completo. Durante os estágios finais do treinamento de Uub, o antigo inimigo de Gokuu, o Imperador Pilaf, se infiltra no Mirante para fazer um desejo às Black Star Dragon Balls. Devido a um lapso de língua, Pilaf é mais uma vez negado o domínio mundial e Gokuu é transformado novamente em uma criança. Quem poderia imaginar os perigos que logo se seguiriam a esse evento alegre?
Fazer um desejo para as Black Star Dragon Balls faz com que o planeta em que elas são usadas exploda exatamente um ano após o desejo ter sido concedido. E as Black Star Dragon Balls não se espalham simplesmente pela Terra, elas se espalham por toda a galáxia. Cabe a Gokuu, Trunks e Pan recuperar as Bolas e salvar a Terra, mas eles encontrarão muitos inimigos que são uma ameaça muito maior do que o Imperador Pilaf em sua jornada pela galáxia.