Digimon Tamers se passa em um mundo onde a popular franquia Digimon está na moda, consistindo em um desenho animado, videogames e um jogo de cartas colecionáveis. Takato Matsuda é um grande fã de Digimon, particularmente obcecado pelo jogo de cartas e constantemente sonha acordado com o universo nele contido. Um dia, ele encontra um misterioso cartão azul, que ele desliza através de um scanner para usar no popular jogo de batalha. Seu brinquedo de repente brilha e se transforma em um Digivice, e o design feito por um fã de Takato, Guilmon, se materializa na frente dele. Emocionado com a perspectiva de ter um Digimon na vida real, Takato abraça seu novo parceiro e suas aventuras como Digimon Tamer começam.
Takato rapidamente descobre que ser um Digimon Tamer não é só diversão e jogos – na realidade, é muito mais perigoso do que os jogos de cartas aos quais ele está acostumado. Digimons selvagens começaram a aparecer por todo o Japão, causando tumultos que resultam em caos e confusão. Armado com seu Digivice, que pode escanear cartões colecionáveis para fortalecer Guilmon, Takato e seu novo parceiro partem para combater os Digimons desonestos. Eles têm a tarefa de proteger o mundo dos ataques de Digimon, enquanto uma misteriosa organização determinada a eliminar todos os Digimon e seus Domadores se esconde nas sombras...
