Masaru, um estudante do segundo ano do ensino médio e lutador de rua invicto, está prestes a aprender o significado da palavra “trabalho em equipe”. Depois que Agumon escapa da DATS, uma organização que lida com Digimon, ele acaba brigando com Masaru. Logo Yoshino e Lalamon vêm capturar Agumon, e os dois lutadores escapam. Depois que um Digimon maligno aparece, cabe a Masaru e Agumon derrotá-lo com sua carga de DNA.
Em breve, Masaru deve se juntar ao DATS para acabar com a vinda dos Digimon à Terra. Com a ajuda de Yoshino, Ikuto e Touma, o grupo deve deter qualquer Digimon maligno que apareça e devolvê-los ao Digital World.
Mas nem tudo sai como planejado...
