Alguns anos após as aventuras das Crianças Escolhidas no Mundo Digital, um novo lote de Crianças Escolhidas é convocado para salvar o Mundo Digital. Um governante maligno conhecido como Digimon Kaiser, ou Digimon Imperador, está forçando os Digimon do Mundo Digital à escravização. O novo grupo de Crianças Escolhidas, com a ajuda de seus Digimon, inicia então uma jornada para deter o malvado Imperador Digimon.
