No final do século 19, Allen Walker se junta oficialmente à organização de Exorcistas que destroem os seres conhecidos como Akuma; armas mecânicas feitas pelo Millennium Earl com as almas sofredoras dos mortos. Allen tem um olho amaldiçoado e uma arma anti-Akuma como braço, carregando o poder da "Inocência", um presente dado a ele como apóstolo de Deus. Allen, juntamente com seus colegas exorcistas, devem pôr fim à conspiração final do Conde do Milênio, que pode levar à destruição do mundo e de todos os que nele vivem.
