Na colônia marciana Quarta Tóquio fica uma sala de aula das mentes mais brilhantes da Kirishina Corporation liderando o desenvolvimento aeroespacial: A-TEC, liderada pelo engenheiro genial Kaito Sera, aguardando ansiosamente a chegada de seu mais novo membro. Logo fica claro, porém, que o estudante transferido não é nada comum - Nagisa Kiryuu, recém-nomeado chefe da A-TEC e irmão mais novo do CEO da corporação, é enviado para encerrar o programa. Para manter a sala de aula viva, Kaito e seus alunos trabalham desesperadamente para desenvolver um sucessor para seu foguete mais poderoso, o X-2; enquanto isso, Nagisa sobe na hierarquia corporativa em busca de sua própria missão. Apesar disso, suas batalhas separadas logo revelam que muito mais está acontecendo na Kirishina Corporation do que aparenta. Classroom☆Crisis segue Kaito e Nagisa, bem como a irmã mais nova de Kaito, Mizuki, e a piloto de testes da A-TEC, Iris Shirasaki, em uma história de intriga, guerra política e, contra todas as probabilidades, romance. À medida que Nagisa e A-TEC são cada vez mais arrastadas para as conspirações da Kirishina Corporation, as amizades crescem e o passado é revelado enquanto lutam para evitar a crise na sala de aula.
[Escrito por MAL Rewrite]