Após uma guerra interplanetária no início do século XXI, o planeta Terra ficou em ruínas, com grande parte do seu ecossistema completamente destruído. Porque já não era possível viver uma vida normal neste planeta, os habitantes são forçados a mudar-se para outros planetas onde a vida será, esperançosamente, mais confortável.
A Deep Galactic Trade Organization, um governo totalitário que afecta muitos dos planetas recentemente habitados, de alguma forma chegou à conclusão de que a música é uma fonte do mal e que deve ser banida e destruída para sempre. O grupo de talentos AKB0048 é logo formado, baseado nos membros originais do AKB48 que viveram na Terra. Embora a sua música seja agora considerada universalmente ilegal, eles têm como missão trazer a sua música de volta à vida, viajando de um planeta para outro e realizando tantos concertos quanto possível. Eles devem passar por um novo conjunto de métodos de treinamento para se tornarem os melhores que podem ser, ao mesmo tempo que evitam o perigo constante de serem presos por causa de sua música. Junte-se às estrelas pop interplanetárias AKB0048 enquanto elas tentam salvar o mundo - com música!
