Dez anos atrás, Ryouta Murakami partiu com seu melhor amigo Kuroneko para encontrar prova de vida alienígena. Ocorreu um trágico acidente, matando Kuroneko e ferindo Ryouta. Em homenagem à memória de Kuroneko, Ryouta agora procura o céu noturno em busca de sinais alienígenas, determinado a provar que seu amigo estava certo e que os alienígenas realmente existem.
Então, um dia, um novo aluno transferido chega à sua turma e quebra tudo o que acredita: o nome dela é Kuroha Neko, e ela se parece exatamente com o falecido Kuroneko. Kuroha nega ser amigo de Ryouta, mas há algo estranho nela. De alguma forma, ela fez um teste difícil de transferir, mas não conhece suas tabelas de multiplicação. Ela possui força desumana e habilidades estranhas. E mais estranho de tudo, ela prevê a morte.
Depois que Kuroha exibe força sobrenatural em salvar sua vida, Ryouta se torna parte da vida de Kuroha, aprendendo sobre seu passado e as forças ocultas que existem no universo. À medida que ele afunda cada vez mais em um mundo de bruxas e magia criadas artificialmente, Ryouta deve permitir que sua mente científica aceite que Kuroha tem um poder muito real - o tipo de poder que algumas forças não param por nada para conseguir.
